Микроорганизмы являются чрезвычайно важным фактором формирования плодородия почвы.
Наличие в грунтовых экосистемах самых разнообразных групп микроорганизмов, которые отличаются по биологической и биохимической специфичности, имеет огромное значение в процессах, происходящих в почве. Количественный состав и соотношение отдельных представителей в микробном ценозе почвы значительно зависит от способа обработки почвы, поступления в почву растительных остатков, которые в первую очередь трансформируются под влиянием неспоровых бактерий и микроскопических грибов, а на поздних стадиях этого процесса - бацилл и актиномицетов. Микроорганизмы, «питающиеся различными органическими веществами, активность которых связана с поступлением этих веществ в почву» С.М. Виноградский назвал зимогенной микрофлорой, тогда как микроорганизмы, разлагающие гумусовые соединения, он отнес к автохтонной микрофлоре.
Значительное влияние на распространение в почве тех или иных групп микроорганизмов вызывают корневые выделения растений.
Согласно имеющимся данным корневые выделения составляют около 20% от общего количества продуктов фотосинтеза растений. В состав корневых выделений входят углеводы, органические кислоты, аминокислоты, пептиды, алкалоиды, гликозиды, витамины, вещества фенольной природы и т.п.
Корневые выделения являются пищевым субстратом для других компонентов биоценоза почвы, в первую очередь, микроорганизмов, которые интенсивно размножаются в корневой зоне растений, особенно в той части, которая непосредственно прилегает к поверхности корней в радиусе от него не более 2 мм - ризосфере.
Микроорганизмы почвы способны выделять вещества, стимулирующие рост и развитие фитобионтов. Синтез ими в корневой зоне витаминов (тиамина, витамина В12, пиридоксина, рибофлавина, пантотеновой кислоты и др.), а также фитогормонов (гиббереллины, гетероауксина и других) положительно влияет на развитие растений.